Thermodesulfobacteriota
Thermodesulfobacterium hydrogeniphilum
Systematik
Klassifikation: Lebewesen Domäne: Bakterien (Bacteria) Stamm: Thermodesulfobacteriota
Wissenschaftlicher Name
Thermodesulfobacteriota
Garrity & Holt 2021[1]

Die Thermodesulfobacteriota sind in der herkömmlichen Taxonomoie ein Phylum^[2] (Stamm, Abteilung, englisch division) thermophiler Sulfat-reduzierender (desulfurizierender) Bakterien.^[3][4]

Er ist eine der ältesten Phyla des Bereichs Bakterien, wobei die neue Bezeichnung Thermodesulfobacteriota den alten Namen Thermodesulfobacteria (der auch die Klasse bezeichnet) ersetzt. Das Phylum beinhaltet anaerobe thermophile Bakterien, die sowohl aus heißen Quellen auf der Erde als auch aus hydrothermalen Schloten im Meer isoliert wurden. Sie sind in der Regel bazillusförmig (d. h. kleine Stäbchen) und wachsen einzeln, paarweise oder in kurzen Ketten. Es gibt sowohl bewegliche als auch unbewegliche Arten.^[1]

Im Jahr 2008 wurde ein pathogener intrazellulärer Vertreter (Lawsonia intracellularis, Ordnung Desulfo­vibrio­nales) der Thermodesulfobakteriota identifiziert.^[5]

In neueren Taxonomien wurde vorgeschlagen,^[6] das Phylum um bislang der Klasse Deltaproteobacteria zugeordnete Desulfurizierer zu erweitern.^[7] Das daraus entstandene umfangreichere Phylum wird gelegentlich dann auch als Desulfobacterota bezeichnet^[8][7] (da dann auch nicht-thermophile Vertreter eingeschlossen sind).

Derzeit (Stand 12. Januar 2024) besteht noch kein Konsensus über den Umfang des Phylums und die Stellung zu den Deltaproteobacteria (inklusive Candidatus Lambdaproteobacteria).

Zum Phylum Thermodesulfobacteriota gehört von Haus aus die Klasse Thermodesulfobacteria (mit Schreibvariante Thermodesulfobacteriia).

Für die folgende Systematik wurden als Quellen benutzt:

• L – LPSN

In der herkömmlichen Taxonomie – wie in der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) sind diese thermophilen Desulfurizierer die einzigen Vertreter des Phylums.^{[A. 1][9]}

• N – NCBI-Taxonomie

In der Taxonomie National Center for Biotechnology Information (NCBI) treten die herkömmlich der Klasse Deltaproteobacteria zugeordneten Desulfurizierer-Ordnungen ebenfalls zu diesem Phylum^{[A. 2]} hinzu. Das so erweiterte Phylum Thermodesulfobacteria wird dann gelegentlich als Desulfobacterota bezeichnet, da es dann nur Desulfurizierer, aber nicht nur thermophile Desulfurizierer enthält.^[7]

• G – GTDB

In der Genome Taxonomy Database (GTDB) gibt es dann von diesen Desulfobacterota wieder einige kleinere Abspaltungen, die dort provisorisch als Desulfobacterota_B bis Desulfobacterota_G bezeichnet werden,^[8] für die aber bereits wieder eigene Bezeichnungen vorgeschlagen wurden (s. u.).

• Thermodesulfobacteriota corrig. Garrity & Holt 2021^(N) bzw. Garrity & Holt 2021^(L)
• „Thermodesulfobacteriota“ Whitman et al. 2018^{[A. 3]}
• „Thermodesulfobacteraeota“ Oren et al. 2015^{[A. 3]}
• Desulfobacterota Waite et al. 2023
• "„Desulfobacterota“" Waite et al. 2020^{[6][A. 3]}

Die folgende Liste umfasst mit Stand 17. Januar 2024 die nach der Taxonomie des NCBI unter den Thermodesulfobacteriota (synonym Desulfobacterota) zusammengefassten Mitglieder (Klassen), zeigt aber transparent die Abspaltungen Desulfobacterota_B bis Desulfobacterota_G gemäß GTDB; in der NCBI-Taxonomie gehören diese alle zu den Desulfobacterota alias Thermodesulfobacteriota. In der LPSN bestehen dagegen die Thermodesulfobacteriota nur aus ihrer ursprünglichen Klasse Thermodesulfobacteria; die anderen in der NCBI-Taxonomie gelisteten Ordnungen gehören dort zur Klasse Deltaproteobacteria (die Klassen sind daher Synonyme der Deltaproteobacteria). Synonyme sind in eckigen Klammern angegeben.

• Phylum Thermodesulfobacteriota Garrity & Holt 2021^(N) [„Thermodesulfobacteraeota“ Oren et al. 2015,^(N) Desulfobacterota Waite et al. 2023^(N)]^{[A. 4]}
  • Klasse Thermodesulfobacteria Hatchikian et al. 2002^(N,L,G) [„Thermodesulfobacteriia“ Cavalier-Smith 2020^(L)]
    • Ordnung Thermodesulfobacteriales Hatchikian et al. 2002^(N,L,G) (inkl. Gattung Thermosulfuriphilus^(N,G))
  • Klasse Desulfarculia Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 5]}
    • Ordnung „Ca. Adiutricales“ Waite et al. 2020^(N,L,G)
    • Ordnung Desulfarculales corrig. Kuever et al. 2006^(N,G) [Desulfarcales Kuever et al. 2006^(L)]
  • Klasse Desulfobaccia Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 5]}
    • Ordnung Desulfobaccales Waite et al. 2020^(N,L,G)

  • 

    Klasse Desulfobacteria Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 5]}
    • Ordnung Desulfobacterales Kuever et al. 2006^(N,L,G)
  • Klasse c__DSM-4660^{(G)[A. 6]}
    • Ordnung Desulfatiglandales Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 7]}
  • Klasse Desulfobulbia Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 5]}
    • Ordnung Desulfobulbales Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 8]}
  • Klasse „Candidatus Desulfofervidia“ Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 5]}
    • Ordnung „Candidatus Desulfofervidales“ Waite et al. 2020^(N,L,G)
  • Klasse Desulfomonilia Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 5]}
    • Ordnung Desulfomonilales Waite et al. 2020^(N,L,G)
  • Klasse Desulfovibrionia Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 5]}
    • Ordnung Desulfovibrionales Kuever et al. 2006^(N,L,G)
  • Klasse Dissulfuribacteria Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 5]}
    • Ordnung Dissulfuribacterales Waite et al. 2020^(N,L,G)
  • Klasse Syntrophia Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 5]}
    • Ordnung Syntrophales Waite et al. 2020^(N,L,G)
  • Klasse Syntrophobacteria Waite et al. 2020^{(N,G)[A. 5]}
    • Ordnung Syntrophobacterales Kuever et al. 2006^(N,L,G)
  • Klasse „Ca. Zymogenia“ Murphy et al. 2021^{(G)[A. 9]}
    • Ordnung „Ca. Zymogeniales“ Murphy et al. 2021^(N,L,G)
      (in der NCBI-Taxonomie zur Klasse Deltaproteobacteria)

Abspaltungen gemäß GTDB:

• Phylum Desulfobacterota_B^(G) [„Ca. Binatota“ Chuvochina et al. 2019,^(N,L) Candidate division UBP10^[13]]
  • Klasse „Ca. Binatia“ Chuvochina et al. 2019^(N,L,G)
    • Ordnung „Ca. Binatales“ Chuvochina et al. 2019^(N,L,G)

• Phylum Desulfobacterota_C^(G) [„Deferrisomatota“^[14][15] ]
  • Klasse Deferrisomatia Waite et al. 2020^(N,L)
    • Ordnung Deferrisomatales Waite et al. 2020^(N,L)

• Phylum Desulfobacterota_D^(G) [„Dadabacteriota“^[16][17]]
  • Klasse „Candidatus Dadabacteria“ Hug et al. 2016^(N,L) [UBA1144 [cls.]^(G)]
    • Ordnung „Candidatus Nemesobacterales“ Gavriilidou et al. 2023^(N)
    • Ordnung UBA1144 [ord.]^(G) mit Ca. Dadabacteria bacterium UBA1144^(N) [UBA1144 sp002311855^(G)]

• Phylum Desulfobacterota_E^(G) [„Ca. Deferrimicrobiota“ Begmatov et al. 2022^[18][19] ]
  • Klasse „Ca. Anaeroferrophillalia“ Murphy et al. 2021^(N,G) [„Ca. Anaeroferrophilia“ corrig. Murphy et al. 2021,^(L) „Ca. Anaeroferrophillalia“ Murphy et al. 2021^(L)]
    • Ordnung „Ca. Anaeroferrophillales“ Murphy et al. 2021^(N,G) [„Ca. Anaeroferrophilales“ corrig. Murphy et al. 2021,^(L) Ca. Anaeroferrophiliales^(L)]
      (in der NCBI-Taxonomie zur Klasse Deltaproteobacteria)
  • Klasse „Ca. Deferrimicrobiia“ corrig. Begmatov et al. 2022^(L) [„Ca. Deferrimicrobia“ Begmatov et al. 2022^(N,L,G)]
    (in der NCBI-Taxonomie Bacteria incertae sedis)
    • Ordnung „Ca. Deferrimicrobiales“ Begmatov et al. 2022^(N,G)

• Phylum Desulfobacterota_F^(G) [„Ca. Desulfuromonadota“ Barak et al. 2023, A010-Gruppe^[20]]
  • Klasse Desulfuromonadia Waite et al. 2020^(N,L,G)
    • Ordnung Desulfuromonadales corrig. Kuever et al. 2006^(N,L,G) [„Desulfuromonales“ Kuever et al. 2005^(N,L), Kuever et al. 2006^(L)
      (in der LPSN mit weiterem Synonym Geobacterales)
    • Ordnung Geobacterales Waite et al. 2020^(N,L,G)
      (in der LPSN ein Snonym für Desulfuromonadales)

• Phylum Desulfobacterota_G^(G)
  • Klasse Syntrophorhabdia Waite et al. 2020^(N,L,G)
    • Ordnung Syntrophorhabdales Waite et al. 2020^(N,L,G)

Aufgrund phylogenomischer Analysen wurden u. a. folgende Phylogenien der Thermodesulfobacteriota vorgeschlagen:

• Waite et al. 2020 (weitgehend der obigen Systematik entsprechend):^[6]

• Die auf 120 Einzelkopie-Markerproteinen basierende Phylogenie der GTDB, Stand 08-RS214, stellt diese Gruppen in einen größeren Zusammenhang und ordnet sie sehr weit verstandenen Deltaproteobacteria (δ-Proteobacteria s.  .)^{[A. 10]} zu, die auch alle herkömmlichen Deltaproteobacteria und Ca. Lambdaproteobacteria^[21][22] umfassen. Zu diesen gehören danach auch die GTDB-Abspaltungen Desulfobacterota Desulfobacterota_B, Desulfobacterota_C, Desulfobacterota_E und Desulfobacterota_F.

Dieser phylogenetisch Baum hat neben den „δ-Proteobacteria s. l.“ einen zweiten großen Ast. Dieser enthält mit dem vorgeschlagenen Reich (Superphylum) „Aquificida“,^[23] die Linien Desulfobacterota_D, Desulfobacterota_G und die ε-Proteobacteria. Dazu kommen die Nitrospirota und die restlichen Pseudomonadota (ohne δ-, ε- und λ-Proteobacteria).^[24]

Commons: Thermodesulfobacteriota – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien

• Systematik der Bakterien

1. ↑ In der LPSN wird im Phylum Thermodesulfobacteriota außer der Klassen Thermodesulfobacteria allenfalls noch die Gattung Thermosulfuriphilus (incertae sedis) eingruppiert. In der Taxonomie des NCBI und der GTDB gehört diese Gattung aber bereits direkt zur Familie Thermodesulfobacteriaceae innerhalb der Thermodesulfobacteria-Ordnung Thermodesulfobacteriales.
2. ↑ fast immer mit jeweils eigenen Klassen
3. ↑ ^{a b c} (damals noch) keine offiziell gültige Veröffentlichung
4. ↑ Die Desulfobacterota alias Thermodesulfobacteriota sind das überkommene Phylum der Klasse Thermodesulfobacteria,^[10] dem die genannten Ordnungen der Deltaproteobakterien in der Taxonomie des NCBI und der GTDB zugeschlagen wurden. In der Folge dieser Reorganisation umfasst dort das Phylum Desulfobacterota (syn. Thermodesulfobacteriota) die überkommene Klasse Thermodesulfobacteria, sowie die unter den bisherigen Deltaproteobacteria identifizierten Sulfatreduzierer (englisch sulfate reducing bacteria, SRB; bzw. sulfate reducing prokaryotes, SRP oder sulfate/sulfite-reducing microorganisms, SRM).^[11][12]
5. ↑ ^{a b c d e f g h i j} Diese Klasse ist in der LPSN ein Synonym für die Klasse Deltaproteobacteria, ihre Mitgliedsordnung(en) sind dort dieser Klasse untergeordnet.
6. ↑ Die DSM-4660-Gruppe ist nach der DTDB eine eigene Klasse, in der LPSN und der NCBI-Taxonomie ist sie in der Ordnung Desulfobacterales bzw. Klasse Desulfobacteria enthalten.
7. ↑ Die Ordnung Desulfatiglandales ist in der NCBI-Taxonomie Mitglied der Klasse Desulfobacteria, in der LPSN sogar ein Synonym für die Ordnung Desulfobacterales alias Desulfobulbales innerhalb der Desulfobacteria
8. ↑ Die Ordnung Desulfobulbales ist in der LPSN ein Synonym für Desulfobacterales
9. ↑ Ca. Zymogenia gehört in der LPSN als Klasse zum Phylum Pseudomonadota (Proteobakterien), in der NCBI-Taxonomie als Unterklasse zur Pseudomonadota-Klasse Deltaproteobacteria.
10. ↑ die taxonomische Rangstufen dieser „δ-Proteobacteria s. l.“ wäre dann oberhalb der eines Phylums
11. ↑ ^{a b} in der LPSN zu Oligoflexia

1. ↑ ^{a b} Aharon Oren, George M. Garrity: Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 71. Jahrgang, Nr. 10, 25. Oktober 2021, S. 5056, doi:10.1099/ijsem.0.005056, PMID 34694987 (englisch). 
2. ↑ Trista Vick-Majors, Jeremy A. Dodsworth, Kyle C. Costa, Everett L. Shock, Brian P. Hedlund: Microbiology and geochemistry of Little Hot Creek, a hot spring environment in the Long Valley Caldera. In: Geobiology. 8. Jahrgang, Nr. 2, März 2010, ResearchGate:40680119, S. 140–154, doi:10.1111/j.1472-4669.2009.00228.x, PMID 20002204, bibcode:2010Gbio....8..140V (englisch). 
3. ↑ Christian Jeanthon, Stéphane L'Haridon, Valérie Cueff, Amy Banta, Anna-Louise Reysenbach, Daniel Prieur: Thermodesulfobacterium hydrogeniphilum sp. nov., a thermophilic, chemolithoautotrophic, sulfate-reducing bacterium isolated from a deep-sea hydrothermal vent at Guaymas Basin, and emendation of the genus Thermodesulfobacterium. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 52. Jahrgang, Pt 3, Mai 2002, S. 765–772, doi:10.1099/00207713-52-3-765, PMID 12054236 (englisch). 
4. ↑ Charles Thomas Parker: Thermodesulfobacteriota corrig. Garrity and Holt 2021, NamesforLife, LLC. 18. August 2022; doi:10.1601/nm.31634, Taxon: doi:10.1601/tx.491 (englisch).
5. ↑ Stephan Schmitz-Esser, Ilka Haferkamp, Silvia Knab, Thomas Penz, Michelle Ast, Christian Kohl, Michael Wagner, Matthias Horn: Lawsonia intracellularis contains a gene encoding a functional rickettsia-like ATP/ADP translocase for host exploitation. In: ASM Journals: Journal of Bacteriolog, Band 190, Nr. 17, September 2008, S. 5746–5752, doi:10.1128/JB.00391-08, PMID 18606736, PMC 2519521 (freier Volltext) (englisch).
6. ↑ ^{a b c} David W. Waite, Maria Chuvochina, Claus Pelikan, Donovan H. Parks, Pelin Yilmaz, Michael Wagner, Alexander Loy, Takeshi Naganuma, Ryosuke Nakai, William B. Whitman, Martin W. Hahn, Jan Kuever, Philip Hugenholtz: Proposal to reclassify the proteobacterial classes Deltaproteobacteria and Oligoflexia, and the phylum Thermodesulfobacteria into four phyla reflecting major functional capabilities. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Band 70, Nr. 11, 5. November 2020, S. 5972–6016, doi:10.1099/ijsem.0.004213, PMID 33151140 (englisch).
7. ↑ ^{a b c} NCBI Taxonomy Browser: Deltaproteobacteria, Detail: Deltaproteobacteria Kuever et al. 2006 emend. Hahn et al. 2017 (class).
8. ↑ ^{a b} GTDB: Bacteria (domain), speziell: Desulfobacterota (phylum).
9. ↑ LPSN: Phylum Thermodesulfobacteriota Garrity and Holt 2021.
10. ↑ LPSN: Class Thermodesulfobacteria Hatchikian et al. 2002.
11. ↑ Friedhelm Bak, Friedrich Widdel: Anaerobic degradation of indolic compounds by sulfate-reducing enrichment cultures, and description of Desulfobacterium indolicum gen. nov., sp. nov. In: Archives of Microbiology, Band 146, November 1986, ISSN 0302-8933, S. 170–176; doi:10.1007/BF00402346 (englisch).
12. ↑ Muhe Diao, Stefan Dyksma, Elif Koeksoy, David Kamanda Ngugi, Karthik Anantharaman, Alexander Loy, Michael Pester: Global diversity and inferred ecophysiology of microorganisms with the potential for dissimilatory sulfate/sulfite reduction. In: FEMS Microbiology Reviews, Band 47, Nr. 5, September 2023, S. fuad058, doi:10.1093/femsre/fuad058, Epub: 5. Oktober 2023 (englisch). Dazu:
    • Redefining Microbiology: Discovery of a 3-in-1 Microorganism Upends Textbooks. Auf: SciTechDaily vom 6. November 2023.
13. ↑ Chelsea L. Murphy, Andriy Sheremet, Peter F. Dunfield, John R. Spear, Ramunas Stepanauskas, Tanja Woyke, Mostafa S. Elshahed, Noha H. Youssef: Genomic Analysis of the Yet-Uncultured Binatota Reveals Broad Methylotrophic, Alkane-Degradation, and Pigment Production Capacities. In: ASM Journals: mBio, Band 12, Nr. 3, 18. Mai 2021, S. e00985-21; doi:10.1128/mBio.00985-21, PMID 34006650, PMC 8262859 (freier Volltext) (englisch).
14. ↑ Caitlin Casar, Lily M. Momper, Brittany R. Kruger, Magdalena R. Osburn: Iron-Fueled Life in the Continental Subsurface: Deep Mine Microbial Observatory, South Dakota, USA. In: Applied and Environmental Microbiology, Band 87, Nr. 20; Oktober 2021, S. e00832-21; doi:10.1128/AEM.00832-21, PMID 34378953, PMC 8478452 (freier Volltext), ResearchGate:353831511, Epub September 2021<<!!--Preprint 11. August 2021--> (englisch).
15. ↑ AJXC01014309. Auf: SILVA (arb-silva.de).
16. ↑ Federica Maggioni, Pierre-Louis Stenger, Philippe Jourand, Clarisse Majorel: The phylum Chloroflexi and their SAR202 clade dominate the microbiome of two marine sponges living in extreme environmental conditions. In: Marine Ecology, Band 44, Nr. 5, Oktober 2023, S. e12757; doi:10.1111/maec.12757, PDF, Epub 29. Mai 2023 (englisch).
17. ↑ Haofei Jiang, Kang Li, Wenzhi Shi, Xuan Che, Xingguo Liu, Qiang Lu, Xubing Ba, Liping Liu (江昊飞, 李慷, 石文智, 车轩, 刘兴国, 鲁强, 巴旭冰, 刘利平): Effects of common fishery drugs and water pH on nitrification performance and microbial community structure of biochar filler system (常用渔药及水体pH对生物质炭填料系统硝化作用和微生物群落结构的影响). In: Journal of Fisheries of China (中国水产学报), Band 46, Nr. 9, 2022; S. 1656–1668; doi:10.11964/jfc.20210312680, PDF (englisch, chinesisch).
18. ↑ Shahjahon Begmatov, Alexey V. Beletsky, Svetlana N. Dedysh, Andrey V. Mardanov, Nikolai V. Ravin: Genome analysis of the candidate phylum MBNT15 bacterium from a boreal peatland predicted its respiratory versatility and dissimilatory iron metabolism. In: Frontiers in Microbiology, Band 13, 4. August 2022, S. 951761; doi:10.3389/fmicb.2022.951761, PMID 35992725, PMC 9386147 (freier Volltext) (englisch).
19. ↑ LPSN: Phylum "Candidatus Deferrimicrobiota" Begmatov et al. 2022.
20. ↑ Hana Barak, Naomi Fuchs, Michal Liddor-Naim, Irit Nir, Alex Sivan, Ariel Kushmaro: Microbial dark matter sequences verification in amplicon sequencing and environmental metagenomics data. In: Frontiers in Microbiology, Band 14, 2. November 2023; S. 1247119; doi:10.3389/fmicb.2023.1247119, PMID 38029171, PMC 10656735 (freier Volltext) (englisch).
21. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Lambdaproteobacteria, Details: Candidatus Lambdaproteobacteria (class).
22. ↑ LPSN: Class "Candidatus Lambdaproteobacteria" Anantharaman et al. 2016.
23. ↑ ^{a b} LPSN: Kingdom "Aquificida" Luketa 2012.
24. ↑ GTDB Release 08-RS214:
    • About. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch). 
    • Tree: bac120_r214.sp_label. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch). 
    • Taxon History. In: Genome Taxonomy Database. Abgerufen am 10. Mai 2023 (englisch). 
25. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Candidatus Lernaellota, Details: "Candidatus Lernaellota" Williams et al. 2022 (phylum), syn. "Candidatus Podoxiota" Pallen et al. 2022, p_FEN-1099.
26. ↑ ^{a b} Timothy D’Angelo, Jacqueline Goordial, Melody R. Lindsay, Julia McGonigle, Anne Booker, Duane Moser, Ramunas Stepanauskus, Beth N. Orcutt: Replicated life-history patterns and subsurface origins of the bacterial sister phyla Nitrospirota and Nitrospinota. In: Nature; The ISME Journal, Band 17, 3. April 2023, S. 891–902; doi:10.1038/s41396-023-01397-x (englisch).
27. ↑ LPSN: Class Nitrospiria Garrity and Holt 2022.