HMS Beagle ist der Name von bislang acht Schiffen der britischen Royal Navy, benannt nach der Hunderasse Beagle:

• Die erste HMS Beagle (1804) war eine Sloop der Cruizer-Klasse, die von 1804 bis 1814 im Einsatz war.
• Die zweite Beagle (Schiff, 1820) war eine Sloop der Cherokee-Klasse mit 10 Kanonen, die 1820 vom Stapel lief und 1825 zum Forschungs- bzw. Vermessungsschiff umgebaut wurde. Von 1831 bis 1836 führte sie mit Charles Darwin an Bord eine Forschungsreise durch. Nachdem sie seit 1846 als Zollboot eingesetzt worden war, wurde sie 1870 verkauft.
• Die dritte HMS Beagle (1854) war ein hölzernes Schraubenkanonenboot, dessen Stapellauf 1854 war. 1863 wurde es nach Japan verkauft und in Kanko umbenannt.
• Die vierte HMS Beagle (1872) war ein Schoner, der von 1872 bis 1883 in Sydney eingesetzt war.
• Die fünfte HMS Beagle (1889) war eine Sloop, die von 1889 bis 1905 in den Listen der aktiven Kriegsschiffe geführt wurde.
• Die sechste HMS Beagle (1909) war ein Zerstörer, der als Typschiff seiner Klasse 1909 vom Stapel lief, im Ersten Weltkrieg eingesetzt und 1921 verkauft wurde.
• Die siebente Beagle (Schiff, 1931) war ein Zerstörer der B-Klasse. Nach dem Stapellauf 1930 wurde er im Zweiten Weltkrieg eingesetzt und 1946 verschrottet.
• Die achte HMS Beagle (A319) war ein Vermessungsschiff der Bulldog-Klasse, welches 1967 vom Stapel lief und 2002 verkauft wurde.

HMS-Beagle ist zudem die Bezeichnung eines Retrotransposons, das beispielsweise bei (bestimmten Stämmen) der Taufliege Drosphila melanogaster (als Modellorganismus) vorkommt.