FASTA-Algorithmus

Der heuristische FASTA-Algorithmus wurde 1985 von David J. Lipman und William R. Pearson als FASTP für Proteine entwickelt.^[1] Das Programm wurde 1988 auf Nukleotide erweitert.^[2]

FASTA sucht nach Ähnlichkeiten zwischen Sequenzen oder vergleicht eine gegebene Sequenz mit einer Sequenz-Datenbank. Die Speicherung der Sequenzdaten erfolgt im FASTA-Format.

Eine Anwendung findet der Algorithmus beispielsweise beim SIMAP-Projekt.

Siehe auch

Literatur

↑ Lipman, D.J. & Pearson, W.R. (1985): Rapid and sensitive protein similarity searches. In: Science. Bd. 227, S. 1435–1441. PMID 2983426
↑ Pearson, W.R. & Lipman, D.J. (1988): Improved tools for biological sequence comparison. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. Bd. 85, S. 2444–2448. PMID 3162770 PDF

Weblinks

EBI: Online Interface

[1] Lipman, D.J. & Pearson, W.R. (1985): Rapid and sensitive protein similarity searches. In: Science. Bd. 227, S. 1435–1441. PMID 2983426

[2] Pearson, W.R. & Lipman, D.J. (1988): Improved tools for biological sequence comparison. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. Bd. 85, S. 2444–2448. PMID 3162770 PDF

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