Eine Bindungsstelle bezeichnet in der Biochemie und Pharmakologie die Kontaktfläche bei der Bindung eines Biopolymers an ein anderes Molekül.

Das Biopolymer kann eine Nukleinsäure, ein Protein oder ein Kohlenhydrat sein, das zweite Molekül kann dagegen auch eine niedermolekulare Verbindung sein. Bei Enzymen liegt die Bindungsstelle für ein Substrat (Substratbindungsstelle) im oder in der Nähe des aktiven Zentrums. Die Bindungsstelle an einem Rezeptor oder anderen Ligaten^[1] ist seine Kontaktfläche zu Liganden (Ligandenbindungsstelle) oder Inhibitoren (kompetitive, nichtkompetitive, unkompetitive oder allosterische Bindungsstelle).^[2] Epitope und Paratope sind die Bindungsstellen zwischen Antigenen und Antikörpern.

Verschiedene Methoden wurden zur Bestimmung von Protein-Protein-Interaktionen, Protein-DNA-Interaktionen, Protein-Lipid-Interaktionen und Protein-Kohlenhydrat-Interaktionen entwickelt.^[3] Teilweise kann die Bindungsstelle durch molekulare Modellierung vorhergesagt werden.^[4][5][6][7]

1. ↑ Martin Holtzhauer: Methoden in der Proteinanalytik. Springer-Verlag, 2013, ISBN 978-3-642-61422-4, S. 32, 33.
2. ↑ H. Robert Horton et al.: Biochemie. Pearson Deutschland GmbH, 2008, ISBN 978-3-827-37312-0, S. 165.
3. ↑ R. J. Najmanovich: Evolutionary studies of ligand binding sites in proteins. In: Current opinion in structural biology. Band 45, August 2017, S. 85–90, doi:10.1016/j.sbi.2016.11.024, PMID 27992825.
4. ↑ X. Jalencas, J. Mestres: Identification of Similar Binding Sites to Detect Distant Polypharmacology. In: Molecular informatics. Band 32, Nummer 11–12, Dezember 2013, S. 976–990, doi:10.1002/minf.201300082, PMID 27481143.
5. ↑ A. Vulpetti, T. Kalliokoski, F. Milletti: Chemogenomics in drug discovery: computational methods based on the comparison of binding sites. In: Future medicinal chemistry. Band 4, Nummer 15, Oktober 2012, S. 1971–1979, doi:10.4155/fmc.12.147, PMID 23088277.
6. ↑ D. Ghersi, R. Sanchez: Beyond structural genomics: computational approaches for the identification of ligand binding sites in protein structures. In: Journal of structural and functional genomics. Band 12, Nummer 2, Juli 2011, S. 109–117, doi:10.1007/s10969-011-9110-6, PMID 21537951, PMC 3127736 (freier Volltext).
7. ↑ M. M. Gromiha, R. Nagarajan: Computational approaches for predicting the binding sites and understanding the recognition mechanism of protein-DNA complexes. In: Advances in protein chemistry and structural biology. Band 91, 2013, S. 65–99, doi:10.1016/B978-0-12-411637-5.00003-2, PMID 23790211.